醫療行業中醫院是顯微鏡的很大應用場所，主要用來檢查患者的體液變化、入侵人體的病菌、細胞組織結構的變化等等信息，為醫生提供制定治療方案的參考依據和驗證手段。

光學顯微鏡是醫療衛生領域常用的檢測設備，在中國幾乎所有的醫院、防疫站、衛生所以及醫療院校都離不開光學顯微鏡。光學顯微鏡可以供醫療衛生單位用于微生物、細胞、細菌、組織培養、懸浮體、沉淀物等的觀察，在維護廣大人民群眾的身體健康、疾病檢查等方面的作用巨大。